Службой лесного хозяйства при Министерстве природных ресурсов, экологии и технического надзора проводится комплексная работа по охране, сохранению, восстановлению и устойчивому управлению лесными экосистемами республики.

Ежегодно по республике на площади более 2 тысяч гектаров проводятся работы по лесоразведению и восстановлению лесов, высаживается около 1 миллиона саженцев. Кроме того, на территориях государственного лесного фонда высевается около 3 тысяч килограммов лесных семян.

В целях охраны лесов также ведётся соответствующая работа: по выявленным нарушениям принимаются предусмотренные меры, а также ведётся работа по возмещению ущерба, причинённого окружающей среде и лесным ресурсам.

Для предупреждения лесных пожаров и снижения их последствий в лесных хозяйствах созданы специальные оперативные группы по тушению пожаров, которые обеспечиваются необходимыми инструментами и оборудованием. Также на постоянной основе проводятся профилактические мероприятия по обеспечению пожарной безопасности, предупреждению пожаров, а в случае их возникновения — своевременному выявлению и оперативному тушению.

В лесах Кыргызстана при борьбе с болезнями и вредителями с учетом воздействия на экосистемы в основном применяются не химические, а биологические методы, направленные на сохранение естественного баланса лесных экосистем.